Mohammed bin Nayef is de tweede zoon van Nayef bin Abdoel Aziz al-Saoed die zelf kroonprins was van Saoudi-Arabië.
Zijn oudere broer is Saud bin Nayef die zelf ook een belangrijke rol heeft binnen Saoudi-Arabië. Hij is ook de neef van de huidige koning Salman bin Abdoel Aziz en kleinzoon van de eerste koning Abdoel Aziz.
Mister MBN zoals hij door intimi wordt genoemd heeft politicologie gestudeerd in de VS in het Lewis & Clark college. Hij spreekt dan ook vloeiend Engels. Hij legde zich al zeer snel neer op bestrijding van terrorisme en kreeg tussen 1985 en 1988 een opleiding van de FBI en tussen 1992 en 1994 kreeg hij een opleiding anti-terrorisme van Scotland yard. Doordat Mohammed gestudeerd heeft in de VS heeft hij goede banden met top van het dat land en kan hij zonder afsprak binnen lopen bij zowel premier Cameron als de Amerikaanse president Obama.
In het kader van deze opleidingen werd hij aangesteld als veiligheidsverantwoordelijke voor Saoudi-Arabië. In 2012 werd hij minister van binnenlandse zaken. Op 28 april 2015 werd hij door koning Salman benoemd tot de nieuwe kroonprins en verving daardoor Moekrin bin Abdoel Aziz al-Saoed als kroonprins.
In 2003 is er een mislukte aanslag op hem gepleegd door een lid van Al Qaida toen een zelfmoordterrorist een bom in zijn nabijheid liet ontploffen. In augustus 2010 was er ook een mislukte aanslag op hem. Van Mohammed ben Nayef wordt wel gezegd dat hij weinig corrupt is en niet uit eigenbelang handelt.